По поводу происхождения названия "Баку", как и точного возраста города, до сих пор ведутся споры. Например, английский археолог Вильям Петри (Sir William Flinders Petrie) предполагает, что слова "гора восходящего солнца Бахоу (Bakhay)", написанные в египетской Книге Мертвых 2-го тысячелетия до н.э., относятся к Баку. Некоторые ученые связывают Баку с названиями Гайтара, Албана, Барука, упоминавшимися в древних источниках. В источниках V-VIII веков н.э. он упоминается как Багаван, Атеши Багуван. Начиная с IX века в арабских источниках впервые встречаются слова "Баку", "Бакух", "Бакуйа", "Бакуйе". Позднее в европейских источниках название города встречается как "Бага", "Баки", "Бакхи", а в русских - "Бака". Начиная с XVIII века Баку упоминается в фарсидских источниках как "Бадкубе". Это слово состоит из двух фарсидских слов: "бад" - ветер, "кубе" - бить, т.е. "(Город, где) бьет ветер". По видимому город был назван так некоторыми авторами из-за сильных ветров, дующих в Баку. В настоящее время на азербайджанском языке название города употребляется как "Бакы".

Единого мнения по поводу происхождения названия "Баку" нет, и в разных источниках используются различные предположения. Вот некоторые из существующих версий.

Профессор Сара Ашурбейли, ведущий специалист в этой области, считает, что это слово уходит корнями в Зороастризм и происходит от слова "бага", которое в ряде древних языков означает "солнце", "Бог".

В турецкой "Исламской энциклопедии" происхождение слова Баку дано от слов "Бей-Кёй", что по-турецки означает "Главный город".

По версии ученого-кавказоведа К.П. Патканова название Баку происходит от лакского слова "бак" - холм, т. к. Баку располагается на холмах. Историк Али Гусейнзаде также утверждает, что слово Баки встречается в знаменитом тюркском словаре XI века Махмуда Кашгари в значении "холм".

Некоторые ученые считают Баку этнотопонимом, т.е. названием происходящим от названия древних племен "бакан" или "баги", населявших Апшерон в XII-V вв до н.э.