Первые сведения об истории города Нахчыван дают в своих произведениях историк Иосиф Флавий (1 век до н.э.) и греческий географ Клавдий Птолемей в "Географий". В этом произведении название Нахчывана отмечается как "Наксуана". Следует отметить, что Наксуана не является фонетическим вариантом слова Нахчыван. На греческом, римском языках отсутствуют какие-либо шипящие звуки ч, ж, с, дж, и поэтому они называли Нахчыван Наксуаной.

Согласно арабским и персидским источникам средних веков (Ибн Хордадбех, Аль-Бируни, Бакуви и др.) название города использовалось как Нашава, Нагчуван. По некоторым источникам (Мухаммеда Нахчивани, Хамдуллы Гахвии, Эвлия Чалаби и др.), не имеющим научную основу, значение топонима Нахчыван связано с именем легендарного пророка Ноя, то есть Нухчуван, местность Нуха (Ноя).

Нахчыван находился в составе государств Манна в 9-6 века до н.э., затем - в составе государства Мидия, в 550 г. до н.э. после поражения Мидии остался под игом империи Ахаманитов. Нахчыван, расположенный на торговом пути между Ближним и Средним Востоком, после разрушения империи Ахаманитов, в конце 4 века до н.э. - первой половине 1 века до н.э. находился в составе государства Атропотена. У Нахчывана, ставшим торговым, культурным центром на Ближнем и Среднем Востоке, были установлены торговые отношения с рядом стран Малой Азии, Ираном, Грузией и портами Черного моря.

Во время ирано-византийской войны в 625 г. византийский император Иракли захватил Нахчыван и сравнял город с землей. Восстановившийся впоследствии город Нахчыван перешел в руки арабов в 654 г. Город Нахчыван после краха арабского халифата вошел сначала в состав государства Саджидов, затем - Саларидов. С конца 10 века до середины 11 века Нахчыван находился в составе государства Раввадидов. В 1054 г. приход Сельджуков в Азербайджан и ликвидация государства Раввадидов привели к тому, что Нахчыван перешел в руки сельджукского правительства. После раздробления сельджукского султаната Нахчыван оказался в составе государства Атабеков. Город Нахчыван, превратившийся в торговый центр государства Атабеков, с конца 30-х годов 11 века до 1175 г. был столицей этого государства. В 12 веке в Нахчывана проживало примерно 120-200 тыс. человек. В городе развивались ткачество, ювелирное искусство, ковроткачество и другие виды искусства. В 1221 г. во время первого похода монголов на Азербайджан город Нахчыван был сильно разрушен. В 1225 г. воспользовавшись ослаблением государства Атабеков, Джалаладдин Харезмшах захватил Нахчыван. С 1257 г. Нахчыван вошел в состав государства Элханитов (Хулагу). После ослабления Хулагитов Нахчыван попал в зависимость от правительств Чобанитов, затем Джалалитов. В 1386 г. Нахчыван поработил сначала хан Золотой орды Тохтамыш, затем Эмир Теймур. Нахчыван с 1412 г. входил в состав государства Каракоюнлу, с 1468 г. - состав государства Аккоюнлу. Во время аккоюнлу-сефевидской войны в 1501 г. в битве на Шарурской равнине Сефевиды одержали победу и перехватили город. На следующем этапе Нахчыван превратился в поле боя во время Сефевидско-Османской войны. Шах Аббас I в 1603 г. превратил Нахчыван в военный лагерь. В результате реформ, проведенных государством Сефевидов, Нахчыван в 16 веке был включен в состав Тебризского, в 17 веке - Чухурсаддского беглярбекства. В 16-17 веках здешние правители назначались из глав Кенгерлинских племен. После порабощения Сефевидов Нахчыван в начале 18 века был захвачен Надир шахом. В 1747 г. после смерти Надир шаха глава Кенгерлинского племени Гейдаргулу хан объявляет себя ханом. Нахчыван стал столицей ханства. 26 июня 1827 г. Нахчыван был захвачен войсками царской России. В результате русско-иранской войны согласно Туркменчайскому договору 1828 г. Нахчыван вернули в состав Российской империи. В 1841 г. в составе Грузино-Имеретинской губернии была создана Нахчыванская область. С 1870 г. в результате царских реформ в Нахчыване произошли значительные сдвиги в области торговли, промышленности, здравоохранения и культуры. В 1905-1907 гг. в результате геноцида армян против азербайджанцев в Нахчыване также произвели ряд жестоких актов. Затем эти события повторились в 1918 г. В 1918 г. в Нахчыване была Создана Аразская Тюркская Республика. В начале 1919 г. в связи с оккупацией Нахчывана англичанами Аразская Тюркская Республика была ликвидирована. 28 юля 1920 г. в Нахчыване было объявлено Советское правительство. На референдуме, проведенном в январе 1921г. 90% населения проголосовали за то, чтобы Нахчыван остался в составе Азербайджана. Договорами от 16 марта 1921 г. в Москве и 13 октября 1921 г. Карсе была заложена основа статуса Нахчыванской Автономной Республики. 9 февраля 1924 г. была организована Нахчыванская АССР и Нахчыван стал столицей. В настоящее время Нахчыван - столица Автономной Республики.

Согласно Закону "О частичном изменении территориального административного разделения некоторых районов Азербайджанской Республики", утвержденному Президентом Азербайджанской Республики 4 декабря 2001 г., Алиабадский административный округ Бабекского района был передан в состав города Нахчыван Нахчыванской Автономной Республики. В городе есть 1 поселок (Алиабад). Площадь города составляет 35,5 кв. км. Население - до 70 тыс. человек (2004). Климат - континентальный, средняя температура в январе - 3,8 градусов, в июле - 26,9 градусов, среднегодовые осадки - 236 мм.

Развитие Нахчывана началось с 70-х годов прошлого века во время руководства Гейдара Алиева. В конце 80-х 20 века Нахчыван попал в блокаду в результате оккупационной политики, проводимой Арменией против Азербайджана, с 1991 г. были отрезаны газопроводы, с 1992 г. - закрыта железная дорога.

После приобретения независимости в Нахчыване были открыты шахматная школа, Олимпийский Спортивный Комплекс, Центр Плавания, новый пятиэтажный комплекс Нахчыванского Государственного Университета, электронная библиотека, корпус для факультета Права и Социального регулирования, новое здание для Таможенного Комитета, Национальный Банк, Центр Реабилитации Инвалидов, школа имени Гейдара Алиева и ряд других школ, построено новое жилое здание для инвалидов. В Нахчыване установлен памятник Гусейну Джавиду, административные здания капитально отремонтированы, открыт Парк Гейдара Алиева, музеи Аджеми, Деде Горгуда, бюст общенационального лидера азербайджанского народа Гейдара Алиева и памятник во дворе школы имени Гейдара Алиева, памятники Бабеку, Кероглу, Джалилу Мамедкулизаде, Аджеми Нахчивани, созданы промышленно-производственные комплексы, "Гранд отель", соответствующий мировым стандартам и другие гостиницы, построены рестораны, сдан в пользование нахчыванцев аэропорт, отвечающий всем международным стандартам, проведен ряд строительных работ. Все это связано с именем общенационального лидера азербайджанского народа Гейдара Алиева, его личностью и деятельностью.

Нахчыванская архитектурная школа поднялась на самую высокую ступень с точки зрения совершенного строительного формирования, технического устройства здания, тектоникой художественного решения. Постройки, относящиеся к нахчыванской архитектурной школе, отличаются тонкостью отдельных элементов, игривостью и математической точностью прекрасных орнаментов.

Мавзолей Мемине хатун - монумент азербайджанской национальной архитектуры, одна из тонких работ восточной архитектуры, был построен в западной части города Нахчыван в 1186 г. (архитектор Аджеми Абубекир оглу Нахчивани). Основатель Азербайджанского государства Атабеков Шамсаддин Эльданиз дал указ о строительстве мавзолея над гробом его жены Мемине хатун, его строительство было завершено сыном Мухаммедом Джаханом Пехлеваном в месяце магеррам хиджри 582 года (апрель, 1186 г.). На монументе написаны следующие слова: "Мы уходим, но остаются мечты. Мы умираем, но остается основа". Ее общая высота составляет 34 метра, впоследствии 8 метров внешнего покрытия были разрушены. Мавзолей состоит из подземной (сардабе) и наземной частей. Сардабе - 10-гранная. Наземная часть мавзолея 10-конечная (все стороны надписаны), изнутри - круглой формы. В мавзолее имеется четыре круглых медальона с надписями. Углы мавзолея Мемине хатун, построенные из сваренного кирпича, выходят как выступы, острые концы - сделаны в угловатой форме. Выступы в углах мавзолея также покрыты многочисленными надписями. Мавзолей отличается более сложной композицией с точки зрения орнаментов и сложной архитектурой для данного периода.

Мавзолей был отреставрирован по указу и благодаря заботе общенационального лидера азербайджанского народа Гейдара Алиева (2003 г.).

Мавзолей Гусейна Джавида - мощный архитектурный комплекс над могилой выдающегося азербайджанского поэта и драматурга Гусейна Джавида. Был построен по личной инициативе Президента Азербайджанской Республики Гейдара Алиева. Мавзолей состоит из верхней и нижней частей. Супруга Гусейна Джавида Мушкуназ ханум и его сын Артогрул также похоронены здесь. (обе могилы перенесены в 1996 г.). Дочь литеартора Туран Джавид также похоронена здесь. (2004 г.). Автором проекта монумента является заслуженный архитектор Расим Алиев, скульптор - народный художник Омар Эльдаров. Открытие мавзолея было проведено 114-ую годовщину со дня рождения Гусейна Джавида 29 октября 1996 г.

Комплекс Имамзаде - архитектурный памятник Азербайджана в городе Нахчыван. Сформирован в 16-17 веках. Цилиндрическая поверхность была создана по разработке нового архитектурного стиля архитектором Ахмед ибн Аййуб аль-Нафизом еще в 3 веке. Комплекс был капитально отремонтирован в 1997 г.

Мавзолей Имамзаде - архитектурный памятник, входящий в комплекс Имамзаде в южно-восточной части города Нахчыван. Предполагается, что эта территория, покрытая восьмиугольным орнаментом, использовалась для строительства мавзолеев.

Нахичеванская бузхана - один из самых крупных в Азербайджанской Республике, расположен близ комплекса Имамзаде в городе Нахчыван. Длина - 20 метров, ширина - 9 метров, в настоящее время - 9,6 метров. Безупречное решение конструкции покрытия из кирпичей, динамичные схемы конструкции, протяженность покрытия здания особо отличают этот монумент. Монумент относится к 12-13 векам.

Кехнегала - крепость на юге города Нахчыван, относится к средним векам. Предполагается, что была построена в период правления Ездегида 3-го государства Сасанидов (632-651-52 гг.)

Мавзолей Юсифа ибн Кусейра - называется мавзолеем сына-отца среди народа. Мавзолей был построен архитектором Аджеми Нахчивани в 1162 г. Юсиф Ибн Кусейр был похоронен здесь. На монументе присутствуют многие надписи, большинство из которых взято из Корана. Мавзолей состоит из подземной части, восьмиугольной наземной части. Восьмиугольная часть мавзолея состоит из выступов, внешняя сторона - в форме пирамид. Композиция отливается тектонической точностью, относительностью отдельных частей.

Мавзолей Исмаилхана - архитектурный монумент, относящийся к 18 веку. Расположен на проспекте Гейдара Алиева в городе Нахчыван, у гостиницы Тебриз. В свое время был построен у реки Базар, протекающей внутри города. Здание, построенное в стиле восточных бань, состоит из входа, зала, бассейна, колодца и святилища.

Мечеть Завийа - исторический архитектурный памятник города Нахчыван. Мечеть относится в периоду 17-18 веков нахичеванской архитектурной школы, указывает на наличие прекрасных традиций. Был проведен капительный ремонт. Нахчыванская женская мечеть расположена здесь.

Джума Мечеть- архитектурный памятник Нахчывана. В 18-19 веках был построен со стороны человека, известного под именем Гусейн Тебризи. Общая площадь - 1000 кв. м. Состоит из одного минарета.